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2024年美国器官移植大会将于6月1日~5日(美东时间)在美国宾夕法尼亚州费城举行,奥根诊断研发团队关于“cfDNA多模态片段组学在肝移植中的研究”成就很荣幸受邀在本届ATC进行壁报展示。
cfDNA作为一个在临床应用广泛的生物标志物,其含有多维度的生物信息,包含片段大小分布、末端基序(End motif)、锯齿末端(Jagged ends)、最佳选择末端坐标(Preferred end coordinates)、核小体足迹和基因表达判断等。cfDNA片段组学就是一项借助cfDNA这类多维特点来辨别其组织来源并反映生理病理状况的新兴技术。
现在的研究表明,cfDNA片段组学可作为肿瘤学、无创产前测试、自己免疫成人两性疾病的生物标志物。比如,一些研究发现,Dnase1l3基因的缺失可能致使cfDNA片段长度和末端基序频率的改变。在肝细胞癌病人中,血浆cfDNA的末端基序多样性显著增加,并且在其他癌症种类的病人中也察看到异常的末端基序。
而在器官移植范围,游离DNA(cfDNA)的应用仅局限于研究单纯定量供体来源cfDNA与排斥反应之间的关系。奥根诊断研发团队通过剖析了74例肝移植病人术后两周的cfDNA测序数据,发目前不同%ddcfDNA水平下,存在显著变化的末端基序,并且借助深度学习模型LDLM对病人进行分类。LDLM模型在练习集和验证集上表现优秀,充分挖掘了cfDNA片段组学的信息。在测试集上,LDLM模型获得了0.73的灵敏度和0.78的AUC值。
奥根团队是全球首个在术后早期肝移植片段组学拓展研究的团队。这项研究提出了一种新办法,借助cfDNA片段组学监测ddcfDNA水平,强调了其重要程度,并验证了LDLM模型在准确分类肝移植病人方面的有效性,这对于移植器官排斥诊断的进展具备要紧意义。
关于美国移植大会(ATC)
美国移植大会(ATC)是美国移植外科大夫协会(ASTS)和美国移植协会(AST)的联合年会,是国际器官移植范围最具影响力的学术盛会之一,大会聚焦全球移植范围热门,汇集器官移植最新前沿科学研究成就。今年是第15届ATC大会,届时或有来自54个国家的4500+器官移植范围的顶级专家学者参会,预计或有600+前沿科学研究成就在本届ATC展出。
封面来源:
Ding SC, Lo YMD. Cell-Free DNA Fragmentomics in Liquid Biopsy. Diagnostics. 2022; 12(4):978. https://doi.org/10.3390/diagnostics12040978
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